İstanbul'da 4 hastadan alınan Kovid-19 virüsünün genomu dizilendi

İstanbul Medeniyet Üniversitesi tarafından Kovid-19 örneklerinin düzenli sekanslanması, viral genom mutasyonlarının izlenmesi, mutasyonlara karşı tanı testlerinin performansının gözden geçirilmesi ve aynı zamanda aşı geliştirilmesi gibi konulara katkı amacıyla proje geliştirildi.

İstanbul Medeniyet Üniversitesi Rektör Yardımcısı Prof. Dr. Sadrettin Pençe'nin yürütücülüğünde geliştirilen proje kapsamında, Kovid-19'lu 4 hastadan izole edilen virüs örneklerinin genom dizilemesi TÜBİTAK Gen Mühendisliği ve Biyoteknoloji Enstitüsünde gerçekleştirildi.

Genom sekansları değerlendirildiğinde ülkede görülen Kovid-19 virüsünün Avrupa'da görülen tip ile benzer olduğu belirlendi.

"Çalışmada 4 virüs örneğine ait tüm genom sekans bilgileri oluşturuldu"

Prof. Dr Sadrettin Pençe, konuya ilişkin AA muhabirine yaptığı açıklamada, dünyada Kovid-19'un daha fazla hastaya bulaştıkça daha fazla varyant biriktireceğine dair endişeler olduğunu, bu nedenle virüsün varyantlarını, hasta profillerini, coğrafi konumlarını, semptomlarını ve tedavi yanıtlarını izlemenin ve karakterize etmenin önemli olduğunu söyledi.

Pençe, "Çalışmamızda Kovid-19 genomunu dizilemeyi ve Türkiye'de görülen Kovid-19'un genomik varyasyonlarını, tiplerini, bugüne kadar sekanslanmış genomlar ile filogenetik ilişkilerini ve varyasyonların viral protein modellemelerini etkileyip etkilemediğini belirlemeyi amaçladık. Ülkemizde 4 Kovid-19 hastasından izole edilen 4 adet Kovid-19 virüsüne ait izolatın genomları, son nesil yüksek veri çıkışlı dizileme platformları kullanılarak yüksek derinlikte sekanslandı. Dizileme işlemleri sonucunda oluşturulan büyük veriler son nesil biyoenformatik araçlar kullanılarak birleştirildi ve her bir virüs örneğine ait genom sekans bilgileri oluşturuldu. Bu sayede virüs örneklerinin genom dizilemesini gerçekleştirdik." diye konuştu.

Kovid-19 virüsüne ait referans genom büyüklüğünün 30 bin nükleotid civarında olduğunu, gerçekleştirilen çalışma kapsamında referans genom ile karşılaştırılmak üzere tam bir genom sekansı elde edilmesinin başarıldığını anlatan Pençe, bu durumun bilimsel literatüre önemli bir katkı sağlayacağını söyledi.

"Bu çalışmalar virüsün göç yollarını anlatan bir resim ortaya çıkarıyor"

Pençe, dünyanın en büyük genom veri depolama platformlarına bugüne kadar Avrupa, Amerika ve Asya orijinli, tüm genom düzeyinde 92 Kovid-19 genom sekansı verisi eklendiğini aktararak, şöyle devam etti:

"Biz de 4 adet yeni genom verisini NCBI veri bankasına ekleyeceğiz ve genom veri sayısı 96'ya yükselecektir. Bu çalışmalar ülkemizde izole edilen bu 4 viral genomun dünyanın hangi bölgesine daha çok benzediği, yani hangi ülke kaynaklı olabileceğine dair bizlere bilgiler vermektedir. Ayrıca Vuhan kaynaklı referans virüs genomu ile yapılan karşılaştırmalar virüsün geçirdiği mutasyonlar ve bu mutasyonların virüsü nasıl etkilediği noktasında bizlere bilgiler vermektedir. Yapılan filogenetik çalışmalar sonucu ülkemizde bulunan bu 4 viral genomun Avrupa kaynaklı viral genomlara benzediğine ve çalışılan izolatların Avrupa kaynaklı bulaşmalar olabileceğine dair önemli kanıtlar sunduğu görülmüştür. Bu durum virüsün dünya üzerinde izlediği göç yollarını da bizlere anlatabilecek bir resim ortaya çıkarmaya başlamıştır."

Çalışmanın sonucunda virüsün mutasyon geçirdiğinin gözlemlendiğini ve bu mutasyonların olası protein fonksiyonlarına etki edip etmediğinin protein modelleme çalışmalarıyla tespit edildiğini anlatan Pençe, gözlemlenen mutasyonların "ORF1ab", "N" ve "S" proteinlerinde gerçekleştiğini kaydetti.

Prof. Dr. Pençe, "Modellemeler ve fonksiyonel analizler sonucu oluşan mutasyonlarda Kovid-19 virüsünün virülans etkisini arttıracak herhangi bir fonksiyonel değişimin meydana gelmediği görülmüştür. Sonuç olarak eldeki verilerin ışığında Kovid-19 virüsünde oluşan mutasyonların gerek virülansın artması gerekse azalması yönünde herhangi bir etkisinin henüz olmadığı görülmüştür. Viral genom dizisini çeşitli bilimsel platformlarda ve uluslararası literatürde yakın zaman içinde paylaşacağımızı da belirtmek isterim." değerlendirmesinde bulundu.