Akuaponik sistem, balıkların yaşadıkları tank ve bitki yetiştirme ünitesinden oluşan bir düzenekle işliyor. Balıkların bulunduğu tankta ortaya çıkan atıklar, pompalar aracılığıyla filtreye taşınıyor. Burada yararlı bakteriler devreye girerek balık atıklarını bitkilerin ihtiyaç duyduğu azotlu besinlere dönüştürüyor. 

Bu besin açısından zengin su, borularla bitkilere ulaştırılıyor. Toprak yerine su içinde kök salan bitkiler bu besinleri alarak büyüyor. Bitkiler aynı zamanda suyu temizleyip tekrar balık tankına geri gönderiyor. Böylece hem balıklar için sağlıklı yaşam ortamı korunuyor hem de bitkiler hızlı ve verimli şekilde gelişiyor.

Sonuç olarak sistem, kendi kendini besleyen bir döngü oluşturuyor, balıklar bitkileri, bitkiler de balıkları destekliyor.

Özellikle marul, fesleğen, domates gibi sebzeler bu yöntemle verimli şekilde üretilebiliyor. Akuaponik, geleneksel tarıma göre çok daha az su tüketiyor ve kimyasal gübre ihtiyacını ortadan kaldırıyor.

Şehir içi tarımda, seralarda ve hatta ev ölçeğinde kullanılabilen yöntem, küçük alanlarda yüksek verim sağlıyor. Artan nüfus ve iklim değişikliğine bağlı su kıtlığı karşısında akuaponik sistemlerin sürdürülebilir gıda üretimi için önemli bir alternatif olması bekleniyor.