Bu yatılı okullarda köle çocuklarına yerli isimleri yerine İngilizce isimler verilir, onların geleneksel kıyafetleri ve dilleri yasaklanırdı. Yani bu okullar eğitim değil asimilasyon içindi. Bugün ortaya çıkan kayıtlar, en az 523 yatılı okulun bu baskı sistemine dahil olduğunu ve 408'inin federal hükümet tarafından finanse edildiğini gösteriyor. Yerli çocuklar, dayak, kötü muamele, ağır işçilik ve açlık gibi zorluklarla karşılaştı ve çoğu ailesine asla geri dönmedi. Araştırmalar devam ettikçe, ölü sayısının binleri, hatta on binleri bulabileceği düşünülüyor.

Carlisle Yatılı Okulu, asimilasyonun merkezlerinden biriydi. Bu okulun sloganı, 'İçindeki Yerliliği Öldür, İnsanı Kurtar’dı. 1894 yılının kasım ayında, Amerikan askerleri Arizona'nın kuzeyindeki Hopi halkının yüzyıllardır yaşadığı uzak mesa bölgelerine geldi. Amaçları belliydi: Çocukları kaçırmak.
Hopi aileleri, çocuklarını zorla yatılı okullara göndermemek için büyük bir direnç gösterdi. 

Ancak sonunda, 19 Hopi erkeği tutuklandı ve Kaliforniya’daki Alcatraz adasında bir yıl boyunca hapsedildi. Bu sırada Hopi çocukları, ailelerinden koparılarak yatılı okullara gönderildi. 19.⁠ ⁠yüzyılın sonlarından 20. yüzyılın başlarına kadar, Amerikan hükümeti, Yerli halkların topraklarını ve kültürlerini yok etmeyi hedefleyen bir “asimilasyon” politikasını devreye soktu.  Bu politikanın sonucunda yerli halklardan tam 90 milyon dönüm toprak gasp edildi.

Bu okullar, çocuk işçiliği sisteminin bir parçasıydı. Çocuklar sadece eğitim adı altında değil, aynı zamanda ucuz iş gücü ve silahlı güç olarak kullanıldılar. Phoenix Yatılı Okulu, öğrencilerini Amerikan ordusuna hazırlayan bir "askeri akademi" gibiydi. Çocuklar sabah erkenden denetimlere çıkarılıyor, üniformalar içinde asker gibi disipline ediliyordu. Birinci Dünya Savaşı sırasında bu okuldan onlarca yerli çocuk zorla askere gönderildi. Oysa ki o yıllarda, bu çocuklar henüz Amerikan vatandaşı bile değildi.

Diğer okullarda ise işler çok farklı değildi. Albuquerque Yatılı Okulu, çocukları çiftlik işçilerine dönüştürmek için eğitiyordu. Erkek öğrenciler uzun saatler boyunca tarım işlerinde çalıştırılırken, kız çocukları beyaz ailelerin evlerine hizmetçi olarak gönderiliyordu.  Örneğin; Anita Yellowhair ve James LaBelle gibi yatılı okuldan kurtulanlar, yaşadıkları travmayı bir ömür boyu taşırken, kendi çocuklarına bu acıyı aktarmamak için mücadele ediyor.

Toprakları ve hakları için hala mücadele eden yerliler şu sözlerle kendilerini ifade ediyor: "Toprağımızı aldılar, çocuklarımızı aldılar, emeğimizi aldılar... Ama bizi asla teslim alamadılar."

Bugün, Yerli halklar “Land Back” hareketiyle gasp edilen topraklarını geri kazanmak ve kültürlerini yeniden inşa etmek için mücadele veriyor. Amerika’nın dört bir yanında, yatılı okul mezarlıklarından çıkan çocuk kemikleri, hâlâ anlatılmamış binlerce hikayenin var olduğunu kanıtlıyor.  

Son olarak ABD'de 1828-1969 yıllarında faaliyet gösteren ve yerli çocukların gittiği yatılı okullarda resmi olarak açıklanan 972 sayısından 3 kat fazla, yani 3 bin 100 çocuğun kötü koşullar dolayısıyla öldüğü tespit edildi. Gerçek sayının ise bunun çok üstünde olacağı öngörülüyor.